“一直以來我們用的都是小型機，業(yè)務(wù)量的增加讓我們必須購買新服務(wù)器。到底繼續(xù)用小型機，還是改弦易張?”中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心(以下簡稱中心)選型的經(jīng)歷才剛剛開始。

    小型機變成機群

    “生物計算運算量大，對浮點運算和吞吐量要求高，在某種程度上可與大家都知道的復(fù)雜性高、運算量大的地質(zhì)運算、油氣層運算相比�！敝行纳蟻砭徒o自己定義了工作的難度。其實，中心最主要的任務(wù)是開展和促進生物信息技術(shù)領(lǐng)域的原始性創(chuàng)新研究，建立生物信息分析、數(shù)據(jù)挖掘和知識發(fā)現(xiàn)的技術(shù)體系。

    現(xiàn)在中心承擔著生物信息資源的收集和管理服務(wù)、生物信息學(xué)研究等眾多任務(wù)。為了完成任務(wù)，中心運行著MPI、OpenMP、PVM等很多專業(yè)分析軟件。而這些軟件的普遍特性就是運算量大，對平臺挑剔。

    一直以來，中心大規(guī)模計算都使用的是某國際知名廠商的小型機。剛開始，中心只負責為上海地區(qū)提供生物運算分析的任務(wù)，隨著中心業(yè)務(wù)不斷擴大，上海地區(qū)已經(jīng)遠遠不能滿足中心需求，他們將觸角伸到了上海周邊地區(qū)，這就意味著數(shù)據(jù)量和運算量的陡增。購買新的服務(wù)器成為中心持續(xù)發(fā)展的必要條件。

    “按常理來說，這種購買只是系統(tǒng)擴容，照以前的拷貝一份就可以，起碼用著一直不錯的小型機應(yīng)該是首選�！敝行淖钤绱虻囊彩沁@樣的如意算盤。既然以前一直不錯，干脆這次復(fù)制一個好了。還用得著考慮什么選型問題嗎?

    當然得考慮。在IT產(chǎn)品不斷推陳出新的今天，為什么非要守著價格動輒上百萬，每年維護費用又在十萬以上的小型機?是不是可以找一個替代品，又能省錢，又能完成計算任務(wù)?

    別忙!換產(chǎn)品可以，可是得完成運算任務(wù)。再便宜，也不能買了沒法用吧。

    中心先仔細分析了一下對服務(wù)器計算能力的具體需求。從運算能力、運算特點來看，中心要求服務(wù)器能支持并行計算，支持批處理運算。同時，中心運行的有很多分析軟件，比如計算分子生物學(xué)算法、生物開發(fā)專用軟件環(huán)境等，新服務(wù)器必須能支持這些軟件。其余更為細節(jié)，但也是明確門檻的要求是:浮點計算能力到1000億次/秒，內(nèi)置大容量存儲設(shè)備，相關(guān)設(shè)備能夠相對獨立，比如電源。

    當然小型機也算是理想。但除小型機之外，機群也可以考慮。單個性能并不算太高，但有機、可靠整合的機群系統(tǒng)，從指標上能滿足計算需求，也能保證系統(tǒng)的安全可靠。

    先拿張紙算算機群的好處有哪些，是否值得換。中心是這樣認識機群的。首先它便宜，比起同檔次的小型機，購買價格和后期維護費用都小很多。其次，機群也能滿足中心的計算能力。無論是中心要求的生物分析、進化分析、比對軟件等并行計算能力，還是序列比對等批處理計算能力，機群都可以滿足。同時，在中心看重的大存儲方面，機群的數(shù)據(jù)存取也讓中心比較樂觀。

    不過選擇機群也不是百分之選，比如，在小型機上“跑”慣了的應(yīng)用軟件，突然轉(zhuǎn)移到機群上行不行?要做多大的轉(zhuǎn)變和接口轉(zhuǎn)換，中心能力行不行，機群提供商能給多大支持?

    國際品牌改為國內(nèi)

    服務(wù)器國內(nèi)外廠商有很多。中心列了一張大表，挨個寫下自己比較熟悉的國際大廠商，用排除法選型。

    最早心儀的是DELL服務(wù)器，便宜，性能好，而且不少用戶也在青睞DELL。但一比對數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)，DELL沒有機群解決方案。白忙活一場!還是看看幾個專業(yè)機群廠商吧。

    Sun當然也是不錯的選擇。作為國際知名解決方案提供商，Sun的產(chǎn)品和服務(wù)不用懷疑，其中間件產(chǎn)品跨平臺性不錯，軟件體系非常完善。但在價格上，還是偏貴。另外，Sun不能按照中心計算方法進行定制服務(wù)，也不能滿足移植需求。

    中心開始將眼光轉(zhuǎn)向國內(nèi)。在國內(nèi)品牌選擇上，2003年聯(lián)想深騰以4.183萬億次的LINPACK速度列世界第14位的信息一下子打動了中心。聯(lián)想在機群體系上已經(jīng)建立了品牌和知名度，而且，有數(shù)據(jù)表明其在國際上的排名也不錯，是不是可以考慮呢?中心將電話打到了聯(lián)想。

    在性能上，中心并沒有太多顧慮。而關(guān)鍵是，聯(lián)想能否提供軟件移植服務(wù)，保證中心運行的軟件能夠在機群上運行。

    “當時我們只是試探一下，抱著希望成功的目的。沒想到，移植并不難，而且聯(lián)想派出了幾個工程師，將我們的MPI、OpenMP、PVM應(yīng)用支撐平臺順利遷移到了機群上�！敝行倪@樣回憶。

    當然還有其他吸引中心的地方。比如，聯(lián)想提供的機群是安騰結(jié)點。經(jīng)過測試，中心發(fā)現(xiàn)安騰結(jié)點的綜合能力是其他結(jié)點的兩倍以上。而且中心私下認為，安騰結(jié)點是將來的發(fā)展方向。“有些運算對內(nèi)存要求很高。而安騰能夠支持最多128GB的內(nèi)存，讓我們不再發(fā)愁�！睖y試數(shù)據(jù)讓中心在聯(lián)想后面打了勾。

    “不要以為我們選擇了聯(lián)想，就是百分之百滿意�！敝行膹娬{(diào)，“畢竟我們第一次用機群，不敢把身家性命放在新東西上�！敝行囊郧皬膩頉]用過聯(lián)想，不了解情況，要冒一定風(fēng)險。為了保險起見，中心來了個保險方案—Itanium2結(jié)點和Xeon結(jié)點并存的混合機型，同時與聯(lián)想積極溝通，逐步做調(diào)優(yōu)工作。

    2003年底，聯(lián)想向上海生物信息中心推薦聯(lián)想定制的深騰1800高性能機群服務(wù)器產(chǎn)品，即“上海生物信息中心機群系統(tǒng)”。2004年4月簽訂合同，5月底到貨，7月份進入安裝測試，到現(xiàn)在效果不錯。

    “用了機群以后，我們忙著做內(nèi)部應(yīng)用軟件的遷移。不過這不是一朝一夕的事情，需要慢慢解決�！敝行男挠胁桓�，知道自己任重而道遠。下一步，中心開始琢磨與聯(lián)想成立聯(lián)合實驗室中心，將運算和分析軟件與服務(wù)器匹配的問題“扼殺”在實驗室里。同時，中心對機群提出的更高要求也需要寄希望于實驗室，比如磁盤陣列的性能還需要再加強，機群作業(yè)的調(diào)度系統(tǒng)需要改進，在高強度下某些服務(wù)器容易掛起等問題。

    到今天，中心總結(jié)自己從小型機一步跨越到機群，從國外品牌直接換成國內(nèi)品牌的經(jīng)歷還在感慨:繼承以前的選型習(xí)慣當然沒錯，但是，打破常規(guī)，用更新的產(chǎn)品也是不錯的選擇。

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本文標題：選型，不走老路

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