內部控制作為一種先進的組織管理制度在現代企業(yè)管理中有著重要的作用。ERP的引入，可以提高內部控制的效率，但也會帶來諸如內部控制環(huán)境、重點的變化以及很多具有IT技術特點的新問題。在ERP系統(tǒng)開發(fā)與實施過程中，應當將完善的內部控制體系有步驟地融入ERP環(huán)境當中，將新風險納入內部控制之中。因而，在ERP環(huán)境下建設、完善內部控制系統(tǒng)是ERP項目實施中不可缺少的一部分。
1.ERP是內部控制的工具和手段之一。內部控制內控的目標基本涵蓋了企業(yè)經營活動的全部內容，而ERP作為信息系統(tǒng)，是為企業(yè)經營目標服務的。ERP實施前要求有關組織重新設計和改進其業(yè)務流程，進行業(yè)務流程再造，再造后的流程成為組織必須遵循的共同標準。流程再造的設計過程中，設計人員集成某些管理思想，體現有效控制和高效配置企業(yè)資源的信息化優(yōu)勢。所以在ERP的流程再造的設計過程中，可以把相關的部分內部控制要求加以考慮，以致這些要求最終成為組織內部所共同遵守的標準。
2.ERP本身是內部控制的客體。ERP是由主觀意識的人設計和進行具體操作的，其最前端輸入的數據決定其產出產品的質量。若輸入錯誤的數據，其影響也一樣會遍及企業(yè)整個范圍和相關角落，最終可能導致嚴重的管理決策錯誤，而該數據源則由人為控制著，具有一定的主觀性；另外，ERP同其他信息系統(tǒng)一樣也面臨著諸如財產價值、法律責任、資產安全等風險，也需要對其進行有效的控制。
3.ERP是信息與溝通的組成部分。在COSO的內部控制框架中，信息與溝通是貫穿整個內部控制系統(tǒng)的要素。ERP作為信息集成系統(tǒng)，可以承擔量化信息的篩選、集輸、溝通。在ERP系統(tǒng)的設計、開發(fā)、實施、運行、維護及管理中，可以把內部控制體系中對信息的總體控制和應用控制要求加以體現在企業(yè)內部，只要是ERP上的合法用戶，就可以隨時享受共享的信息，從而幫助管理者及時識別、捕捉確切的與企業(yè)經營活動相關信息，抓住判斷時機，實現信息溝通的目的。
4.ERP具有一定的局限性。ERP作為信息技術，它是企業(yè)管理工具和手段的一種，它不能代替所有的管理工具和技術；ERP業(yè)務復雜，運作和維護成本高，規(guī)模較小的企業(yè)不適合采用該技術；ERP各模塊是根據業(yè)務實際設置的，沒有標準化的模型，所以對于不同類型的企業(yè)，ERP的內容也不盡相同，這對于經營范圍廣的大型企業(yè)集團來講就很難設置統(tǒng)一量化的考核評價標準等等。
從上面的分析可以看出，ERP就是一種管理和控制的工具和手段，它的優(yōu)勢在于最大化的信息集成，并把特定的管理要求固化，但是它本身并不創(chuàng)造控制體系；對內部控制體系而言，它是自控控制和信息與溝通的一個重要組成部分；對企業(yè)所面臨的風險而言，企業(yè)仍需要通過建立內部控制體系，提高風險管理水平，規(guī)避和弱化企業(yè)經營管理過程中遇到的各類風險。
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